为健全以东南大学学术委员会为核心的学术治理体系，由专职人员承担学术委员会事务，组织开展及督促落实相关工作事项，保障学术权力常态化、实体化运行，构建良好的大学学术生态，特设置实体化的东南大学学术委员会秘书处。该机构加强对学校学术权力机构的顶层设计与谋划，各院（系）需对照学校学术权力机构的架构，对应规范院（系）学术体系，推动构建现代大学治理体系。

机构职能：

1.协调处理东南大学学术委员会的日常事务，包括联络服务委员、组织安排会议、督办检查有关事项等。

2.起草东南大学学术委员会相关规章制度。

3.学部、院系学术委员会换届、调整的审核工作。

4.接受学术事务相关的申诉，组织开展学术调查和仲裁。

5.开展学术规范和学术道德教育。

6.完成上级主管部门和学校领导交办的其它工作。